Re: gbrowse_syn display question

>Hi Nikhat,
>
>Thank you for your timely and effective demonstration of why it is
>helpful to Cc: the Gbrowse mailing list.
>
>I have never actually tried this before but, from your screen-shot, I
>think that what appears to be one block may in fact be a bunch of 5kb
>blocks that are immediately adjacent to each other.  You could test
>this by turning "shading" and "grid-lines" off and leaved "edges" on.
>If I am correct I would expect to see edge lines demarcating the edge
>of each 5kb segment.
>If you want to have a visual cue that the alignment has been sliced
>into segments, one thing to try is to modify the perl script to create
>small overlaps between slices (for example, 1..5010, 4991..10010,
>etc).  What I predict would happen here is that the adjacent blocks
>would be vertically offset from one another, unless you have the
>"chain alignments" option turned on.
>
>I am curious how this turns out, please do follow up once you have
>tried the above.
>
>Sheldon
>
>2009/5/19 Nikhat Zafar <nzafar@...>:
>  
>
>>Hi ,
>>
>>I read the thread where you helped Ankita split the big alignmnet in smaller
>>chunks. I tried that with my alignment . I have a question as you can see in
>>the screenshot attched I see just one continous block, instead of smaller
>>chunks based on the region of similarity as can be seen on worm base
>>example.  Is that is how it is supposed to look.
>>
>>Nikhat
>>
>>
>>mysql> select * from alignments;
>>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+
>>| hit_id | hit_name | src1 | ref1 | start1 | end1   | strand1 | seq1 | bin
>>         | src2 | ref2 | start2 | end2   | strand2 | seq2 |
>>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+
>>|      1 | H000001  | boa1 | 85   |  25001 |  30000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  25001 |  30000 | +       |      |
>>|      2 | H000001r | bra1 | 1368 |  25001 |  30000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  25001 |  30000 | +       |      |
>>|      3 | H000002  | boa1 | 85   |  30001 |  35000 | +       |      |
>>10000.000003 | bra1 | 1368 |  30001 |  35000 | +       |      |
>>|      4 | H000002r | bra1 | 1368 |  30001 |  35000 | +       |      |
>>10000.000003 | boa1 | 85   |  30001 |  35000 | +       |      |
>>|      5 | H000003  | boa1 | 85   |  35001 |  40000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  35001 |  40000 | +       |      |
>>|      6 | H000003r | bra1 | 1368 |  35001 |  40000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  35001 |  40000 | +       |      |
>>|      7 | H000004  | boa1 | 85   |  40001 |  45000 | +       |      |
>>10000.000004 | bra1 | 1368 |  40001 |  45000 | +       |      |
>>|      8 | H000004r | bra1 | 1368 |  40001 |  45000 | +       |      |
>>10000.000004 | boa1 | 85   |  40001 |  45000 | +       |      |
>>|      9 | H000005  | boa1 | 85   |  45001 |  50000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  45001 |  50000 | +       |      |
>>|     10 | H000005r | bra1 | 1368 |  45001 |  50000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  45001 |  50000 | +       |      |
>>|     11 | H000006  | boa1 | 85   |      1 |   5000 | +       |      |
>>10000.000000 | bra1 | 1368 |      1 |   5000 | +       |      |
>>|     12 | H000006r | bra1 | 1368 |      1 |   5000 | +       |      |
>>10000.000000 | boa1 | 85   |      1 |   5000 | +       |      |
>>|     13 | H000007  | boa1 | 85   |  50001 |  55000 | +       |      |
>>10000.000005 | bra1 | 1368 |  50001 |  55000 | +       |      |
>>|     14 | H000007r | bra1 | 1368 |  50001 |  55000 | +       |      |
>>10000.000005 | boa1 | 85   |  50001 |  55000 | +       |      |
>>|     15 | H000008  | boa1 | 85   |  55001 |  60000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  55001 |  60000 | +       |      |
>>|     16 | H000008r | bra1 | 1368 |  55001 |  60000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  55001 |  60000 | +       |      |
>>|     17 | H000009  | boa1 | 85   |  60001 |  65000 | +       |      |
>>10000.000006 | bra1 | 1368 |  60001 |  65000 | +       |      |
>>|     18 | H000009r | bra1 | 1368 |  60001 |  65000 | +       |      |
>>10000.000006 | boa1 | 85   |  60001 |  65000 | +       |      |
>>|     19 | H000010  | boa1 | 85   |  65001 |  70000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  65001 |  70000 | +       |      |
>>|     20 | H000010r | bra1 | 1368 |  65001 |  70000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  65001 |  70000 | +       |      |
>>|     21 | H000011  | boa1 | 85   |  70001 |  75000 | +       |      |
>>10000.000007 | bra1 | 1368 |  70001 |  75000 | +       |      |
>>|     22 | H000011r | bra1 | 1368 |  70001 |  75000 | +       |      |
>>10000.000007 | boa1 | 85   |  70001 |  75000 | +       |      |
>>|     23 | H000012  | boa1 | 85   |  75001 |  80000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  75001 |  80000 | +       |      |
>>|     24 | H000012r | bra1 | 1368 |  75001 |  80000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  75001 |  80000 | +       |      |
>>|     25 | H000013  | boa1 | 85   |  80001 |  85000 | +       |      |
>>10000.000008 | bra1 | 1368 |  80001 |  85000 | +       |      |
>>|     26 | H000013r | bra1 | 1368 |  80001 |  85000 | +       |      |
>>10000.000008 | boa1 | 85   |  80001 |  85000 | +       |      |
>>|     27 | H000014  | boa1 | 85   |  85001 |  90000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  85001 |  90000 | +       |      |
>>|     28 | H000014r | bra1 | 1368 |  85001 |  90000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  85001 |  90000 | +       |      |
>>|     29 | H000015  | boa1 | 85   |  90001 |  95000 | +       |      |
>>10000.000009 | bra1 | 1368 |  90001 |  95000 | +       |      |
>>|     30 | H000015r | bra1 | 1368 |  90001 |  95000 | +       |      |
>>10000.000009 | boa1 | 85   |  90001 |  95000 | +       |      |
>>|     31 | H000016  | boa1 | 85   |  95001 | 100000 | +       |      |
>>1000000.000000 | bra1 | 1368 |  95001 | 100000 | +       |      |
>>|     32 | H000016r | bra1 | 1368 |  95001 | 100000 | +       |      |
>>1000000.000000 | boa1 | 85   |  95001 | 100000 | +       |      |
>>|     33 | H000017  | boa1 | 85   |   5001 |  10000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |   5001 |  10000 | +       |      |
>>|     34 | H000017r | bra1 | 1368 |   5001 |  10000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |   5001 |  10000 | +       |      |
>>|     35 | H000018  | boa1 | 85   | 100001 | 105000 | +       |      |
>>10000.000010 | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | +       |      |
>>|     36 | H000018r | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | +       |      |
>>10000.000010 | boa1 | 85   | 100001 | 105000 | +       |      |
>>|     37 | H000019  | boa1 | 85   | 105001 | 107914 | +       |      |
>>10000.000010 | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | +       |      |
>>|     38 | H000019r | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | +       |      |
>> 100000.000001 | boa1 | 85   | 105001 | 107914 | +       |      |
>>|     39 | H000020  | boa1 | 85   |  10001 |  15000 | +       |      |
>>10000.000001 | bra1 | 1368 |  10001 |  15000 | +       |      |
>>|     40 | H000020r | bra1 | 1368 |  10001 |  15000 | +       |      |
>>10000.000001 | boa1 | 85   |  10001 |  15000 | +       |      |
>>|     41 | H000021  | boa1 | 85   |  15001 |  20000 | +       |      |
>> 100000.000000 | bra1 | 1368 |  15001 |  20000 | +       |      |
>>|     42 | H000021r | bra1 | 1368 |  15001 |  20000 | +       |      |
>> 100000.000000 | boa1 | 85   |  15001 |  20000 | +       |      |
>>|     43 | H000022  | boa1 | 85   |  20001 |  25000 | +       |      |
>>10000.000002 | bra1 | 1368 |  20001 |  25000 | +       |      |
>>|     44 | H000022r | bra1 | 1368 |  20001 |  25000 | +       |      |
>>10000.000002 | boa1 | 85   |  20001 |  25000 | +       |      |
>>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+
>>
>>;; This buffer is for notes you don't want to save, and for Lisp evaluation.
>>;; If you want to create a file, visit that file with C-x C-f,
>>;; then enter the text in that file's own buffer.
>>
>>|   2044 | H000022  | boa1 |  20600 |  20600 |
>>|   2045 | H000022  | boa1 |  20700 |  20700 |
>>|   2046 | H000022  | boa1 |  20800 |  20800 |
>>|   2047 | H000022  | boa1 |  20900 |  20900 |
>>|   2048 | H000022  | boa1 |  21000 |  21000 |
>>|   2049 | H000022  | boa1 |  21100 |  21100 |
>>|   2050 | H000022  | boa1 |  21200 |  21200 |
>>|   2051 | H000022  | boa1 |  21300 |  21300 |
>>|   2052 | H000022  | boa1 |  21400 |  21400 |
>>|   2053 | H000022  | boa1 |  21500 |  21500 |
>>|   2054 | H000022  | boa1 |  21600 |  21600 |
>>|   2055 | H000022  | boa1 |  21700 |  21700 |
>>|   2056 | H000022  | boa1 |  21800 |  21800 |
>>|   2057 | H000022  | boa1 |  21900 |  21900 |
>>|   2058 | H000022  | boa1 |  22000 |  22000 |
>>|   2059 | H000022  | boa1 |  22100 |  22100 |
>>|   2060 | H000022  | boa1 |  22200 |  22200 |
>>|   2061 | H000022  | boa1 |  22300 |  22300 |
>>|   2062 | H000022  | boa1 |  22400 |  22400 |
>>|   2063 | H000022  | boa1 |  22500 |  22500 |
>>|   2064 | H000022  | boa1 |  22600 |  22600 |
>>|   2065 | H000022  | boa1 |  22700 |  22700 |
>>|   2066 | H000022  | boa1 |  22800 |  22800 |
>>|   2067 | H000022  | boa1 |  22900 |  22900 |
>>|   2068 | H000022  | boa1 |  23000 |  23000 |
>>|   2069 | H000022  | boa1 |  23100 |  23100 |
>>|   2070 | H000022  | boa1 |  23200 |  23200 |
>>|   2071 | H000022  | boa1 |  23300 |  23300 |
>>|   2072 | H000022  | boa1 |  23400 |  23400 |
>>|   2073 | H000022  | boa1 |  23500 |  23500 |
>>|   2074 | H000022  | boa1 |  23600 |  23600 |
>>|   2075 | H000022  | boa1 |  23700 |  23700 |
>>|   2076 | H000022  | boa1 |  23800 |  23800 |
>>|   2077 | H000022  | boa1 |  23900 |  23900 |
>>|   2078 | H000022  | boa1 |  24000 |  24000 |
>>|   2079 | H000022  | boa1 |  24100 |  24100 |
>>|   2080 | H000022  | boa1 |  24200 |  24200 |
>>|   2081 | H000022  | boa1 |  24300 |  24300 |
>>|   2082 | H000022  | boa1 |  24400 |  24400 |
>>|   2083 | H000022  | boa1 |  24500 |  24500 |
>>|   2084 | H000022  | boa1 |  24600 |  24600 |
>>|   2085 | H000022  | boa1 |  24700 |  24700 |
>>|   2086 | H000022  | boa1 |  24800 |  24800 |
>>|   2087 | H000022  | boa1 |  24900 |  24900 |
>>|   2088 | H000022  | bra1 |  20100 |  20100 |
>>|   2089 | H000022  | bra1 |  20200 |  20200 |
>>|   2090 | H000022  | bra1 |  20300 |  20300 |
>>|   2091 | H000022  | bra1 |  20400 |  20400 |
>>|   2092 | H000022  | bra1 |  20500 |  20500 |
>>|   2093 | H000022  | bra1 |  20600 |  20600 |
>>|   2094 | H000022  | bra1 |  20700 |  20700 |
>>|   2095 | H000022  | bra1 |  20800 |  20800 |
>>|   2096 | H000022  | bra1 |  20900 |  20900 |
>>|   2097 | H000022  | bra1 |  21000 |  21000 |
>>|   2098 | H000022  | bra1 |  21100 |  21100 |
>>|   2099 | H000022  | bra1 |  21200 |  21200 |
>>|   2100 | H000022  | bra1 |  21300 |  21300 |
>>|   2101 | H000022  | bra1 |  21400 |  21400 |
>>|   2102 | H000022  | bra1 |  21500 |  21500 |
>>|   2103 | H000022  | bra1 |  21600 |  21600 |
>>|   2104 | H000022  | bra1 |  21700 |  21700 |
>>|   2105 | H000022  | bra1 |  21800 |  21800 |
>>|   2106 | H000022  | bra1 |  21900 |  21900 |
>>|   2107 | H000022  | bra1 |  22000 |  22000 |
>>|   2108 | H000022  | bra1 |  22100 |  22100 |
>>|   2109 | H000022  | bra1 |  22200 |  22200 |
>>|   2110 | H000022  | bra1 |  22300 |  22300 |
>>|   2111 | H000022  | bra1 |  22400 |  22400 |
>>|   2112 | H000022  | bra1 |  22500 |  22500 |
>>|   2113 | H000022  | bra1 |  22600 |  22600 |
>>|   2114 | H000022  | bra1 |  22700 |  22700 |
>>|   2115 | H000022  | bra1 |  22800 |  22800|
>>
>>boa1    85      25001   30000   +       .       bra1    1368    25001
>>30000   +       .       25100   25100   25200   25200   25300   25300
>>25400   25400   25500   25500   25600   25600   25700   25700   25800
>>25800   25900   25900   26000   26000   26100   26100   26200   26200
>>26300   26300   26400   26400   26500   26500   26600   26600   26700
>>26700   26800   26800   26900   26900   27000   27000   27100   27100
>>27200   27200   27300   27300   27400   27400   27500   27500   27600
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