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gbrowse_syn display questionHi ,
I read the thread where you helped Ankita split the big alignmnet in smaller chunks. I tried that with my alignment . I have a question as you can see in the screenshot attched I see just one continous block, instead of smaller chunks based on the region of similarity as can be seen on worm base example. Is that is how it is supposed to look. Nikhat mysql> select * from alignments; +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ | hit_id | hit_name | src1 | ref1 | start1 | end1 | strand1 | seq1 | bin | src2 | ref2 | start2 | end2 | strand2 | seq2 | +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ | 1 | H000001 | boa1 | 85 | 25001 | 30000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 25001 | 30000 | + | | | 2 | H000001r | bra1 | 1368 | 25001 | 30000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 25001 | 30000 | + | | | 3 | H000002 | boa1 | 85 | 30001 | 35000 | + | | 10000.000003 | bra1 | 1368 | 30001 | 35000 | + | | | 4 | H000002r | bra1 | 1368 | 30001 | 35000 | + | | 10000.000003 | boa1 | 85 | 30001 | 35000 | + | | | 5 | H000003 | boa1 | 85 | 35001 | 40000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 35001 | 40000 | + | | | 6 | H000003r | bra1 | 1368 | 35001 | 40000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 35001 | 40000 | + | | | 7 | H000004 | boa1 | 85 | 40001 | 45000 | + | | 10000.000004 | bra1 | 1368 | 40001 | 45000 | + | | | 8 | H000004r | bra1 | 1368 | 40001 | 45000 | + | | 10000.000004 | boa1 | 85 | 40001 | 45000 | + | | | 9 | H000005 | boa1 | 85 | 45001 | 50000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 45001 | 50000 | + | | | 10 | H000005r | bra1 | 1368 | 45001 | 50000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 45001 | 50000 | + | | | 11 | H000006 | boa1 | 85 | 1 | 5000 | + | | 10000.000000 | bra1 | 1368 | 1 | 5000 | + | | | 12 | H000006r | bra1 | 1368 | 1 | 5000 | + | | 10000.000000 | boa1 | 85 | 1 | 5000 | + | | | 13 | H000007 | boa1 | 85 | 50001 | 55000 | + | | 10000.000005 | bra1 | 1368 | 50001 | 55000 | + | | | 14 | H000007r | bra1 | 1368 | 50001 | 55000 | + | | 10000.000005 | boa1 | 85 | 50001 | 55000 | + | | | 15 | H000008 | boa1 | 85 | 55001 | 60000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 55001 | 60000 | + | | | 16 | H000008r | bra1 | 1368 | 55001 | 60000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 55001 | 60000 | + | | | 17 | H000009 | boa1 | 85 | 60001 | 65000 | + | | 10000.000006 | bra1 | 1368 | 60001 | 65000 | + | | | 18 | H000009r | bra1 | 1368 | 60001 | 65000 | + | | 10000.000006 | boa1 | 85 | 60001 | 65000 | + | | | 19 | H000010 | boa1 | 85 | 65001 | 70000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 65001 | 70000 | + | | | 20 | H000010r | bra1 | 1368 | 65001 | 70000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 65001 | 70000 | + | | | 21 | H000011 | boa1 | 85 | 70001 | 75000 | + | | 10000.000007 | bra1 | 1368 | 70001 | 75000 | + | | | 22 | H000011r | bra1 | 1368 | 70001 | 75000 | + | | 10000.000007 | boa1 | 85 | 70001 | 75000 | + | | | 23 | H000012 | boa1 | 85 | 75001 | 80000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 75001 | 80000 | + | | | 24 | H000012r | bra1 | 1368 | 75001 | 80000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 75001 | 80000 | + | | | 25 | H000013 | boa1 | 85 | 80001 | 85000 | + | | 10000.000008 | bra1 | 1368 | 80001 | 85000 | + | | | 26 | H000013r | bra1 | 1368 | 80001 | 85000 | + | | 10000.000008 | boa1 | 85 | 80001 | 85000 | + | | | 27 | H000014 | boa1 | 85 | 85001 | 90000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 85001 | 90000 | + | | | 28 | H000014r | bra1 | 1368 | 85001 | 90000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 85001 | 90000 | + | | | 29 | H000015 | boa1 | 85 | 90001 | 95000 | + | | 10000.000009 | bra1 | 1368 | 90001 | 95000 | + | | | 30 | H000015r | bra1 | 1368 | 90001 | 95000 | + | | 10000.000009 | boa1 | 85 | 90001 | 95000 | + | | | 31 | H000016 | boa1 | 85 | 95001 | 100000 | + | | 1000000.000000 | bra1 | 1368 | 95001 | 100000 | + | | | 32 | H000016r | bra1 | 1368 | 95001 | 100000 | + | | 1000000.000000 | boa1 | 85 | 95001 | 100000 | + | | | 33 | H000017 | boa1 | 85 | 5001 | 10000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 5001 | 10000 | + | | | 34 | H000017r | bra1 | 1368 | 5001 | 10000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 5001 | 10000 | + | | | 35 | H000018 | boa1 | 85 | 100001 | 105000 | + | | 10000.000010 | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + | | | 36 | H000018r | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + | | 10000.000010 | boa1 | 85 | 100001 | 105000 | + | | | 37 | H000019 | boa1 | 85 | 105001 | 107914 | + | | 10000.000010 | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + | | | 38 | H000019r | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + | | 100000.000001 | boa1 | 85 | 105001 | 107914 | + | | | 39 | H000020 | boa1 | 85 | 10001 | 15000 | + | | 10000.000001 | bra1 | 1368 | 10001 | 15000 | + | | | 40 | H000020r | bra1 | 1368 | 10001 | 15000 | + | | 10000.000001 | boa1 | 85 | 10001 | 15000 | + | | | 41 | H000021 | boa1 | 85 | 15001 | 20000 | + | | 100000.000000 | bra1 | 1368 | 15001 | 20000 | + | | | 42 | H000021r | bra1 | 1368 | 15001 | 20000 | + | | 100000.000000 | boa1 | 85 | 15001 | 20000 | + | | | 43 | H000022 | boa1 | 85 | 20001 | 25000 | + | | 10000.000002 | bra1 | 1368 | 20001 | 25000 | + | | | 44 | H000022r | bra1 | 1368 | 20001 | 25000 | + | | 10000.000002 | boa1 | 85 | 20001 | 25000 | + | | +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ ;; This buffer is for notes you don't want to save, and for Lisp evaluation. ;; If you want to create a file, visit that file with C-x C-f, ;; then enter the text in that file's own buffer. | 2044 | H000022 | boa1 | 20600 | 20600 | | 2045 | H000022 | boa1 | 20700 | 20700 | | 2046 | H000022 | boa1 | 20800 | 20800 | | 2047 | H000022 | boa1 | 20900 | 20900 | | 2048 | H000022 | boa1 | 21000 | 21000 | | 2049 | H000022 | boa1 | 21100 | 21100 | | 2050 | H000022 | boa1 | 21200 | 21200 | | 2051 | H000022 | boa1 | 21300 | 21300 | | 2052 | H000022 | boa1 | 21400 | 21400 | | 2053 | H000022 | boa1 | 21500 | 21500 | | 2054 | H000022 | boa1 | 21600 | 21600 | | 2055 | H000022 | boa1 | 21700 | 21700 | | 2056 | H000022 | boa1 | 21800 | 21800 | | 2057 | H000022 | boa1 | 21900 | 21900 | | 2058 | H000022 | boa1 | 22000 | 22000 | | 2059 | H000022 | boa1 | 22100 | 22100 | | 2060 | H000022 | boa1 | 22200 | 22200 | | 2061 | H000022 | boa1 | 22300 | 22300 | | 2062 | H000022 | boa1 | 22400 | 22400 | | 2063 | H000022 | boa1 | 22500 | 22500 | | 2064 | H000022 | boa1 | 22600 | 22600 | | 2065 | H000022 | boa1 | 22700 | 22700 | | 2066 | H000022 | boa1 | 22800 | 22800 | | 2067 | H000022 | boa1 | 22900 | 22900 | | 2068 | H000022 | boa1 | 23000 | 23000 | | 2069 | H000022 | boa1 | 23100 | 23100 | | 2070 | H000022 | boa1 | 23200 | 23200 | | 2071 | H000022 | boa1 | 23300 | 23300 | | 2072 | H000022 | boa1 | 23400 | 23400 | | 2073 | H000022 | boa1 | 23500 | 23500 | | 2074 | H000022 | boa1 | 23600 | 23600 | | 2075 | H000022 | boa1 | 23700 | 23700 | | 2076 | H000022 | boa1 | 23800 | 23800 | | 2077 | H000022 | boa1 | 23900 | 23900 | | 2078 | H000022 | boa1 | 24000 | 24000 | | 2079 | H000022 | boa1 | 24100 | 24100 | | 2080 | H000022 | boa1 | 24200 | 24200 | | 2081 | H000022 | boa1 | 24300 | 24300 | | 2082 | H000022 | boa1 | 24400 | 24400 | | 2083 | H000022 | boa1 | 24500 | 24500 | | 2084 | H000022 | boa1 | 24600 | 24600 | | 2085 | H000022 | boa1 | 24700 | 24700 | | 2086 | H000022 | boa1 | 24800 | 24800 | | 2087 | H000022 | boa1 | 24900 | 24900 | | 2088 | H000022 | bra1 | 20100 | 20100 | | 2089 | H000022 | bra1 | 20200 | 20200 | | 2090 | H000022 | bra1 | 20300 | 20300 | | 2091 | H000022 | bra1 | 20400 | 20400 | | 2092 | H000022 | bra1 | 20500 | 20500 | | 2093 | H000022 | bra1 | 20600 | 20600 | | 2094 | H000022 | bra1 | 20700 | 20700 | | 2095 | H000022 | bra1 | 20800 | 20800 | | 2096 | H000022 | bra1 | 20900 | 20900 | | 2097 | H000022 | bra1 | 21000 | 21000 | | 2098 | H000022 | bra1 | 21100 | 21100 | | 2099 | H000022 | bra1 | 21200 | 21200 | | 2100 | H000022 | bra1 | 21300 | 21300 | | 2101 | H000022 | bra1 | 21400 | 21400 | | 2102 | H000022 | bra1 | 21500 | 21500 | | 2103 | H000022 | bra1 | 21600 | 21600 | | 2104 | H000022 | bra1 | 21700 | 21700 | | 2105 | H000022 | bra1 | 21800 | 21800 | | 2106 | H000022 | bra1 | 21900 | 21900 | | 2107 | H000022 | bra1 | 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Re: gbrowse_syn display questionHi Nikhat,
Thank you for your timely and effective demonstration of why it is helpful to Cc: the Gbrowse mailing list. I have never actually tried this before but, from your screen-shot, I think that what appears to be one block may in fact be a bunch of 5kb blocks that are immediately adjacent to each other. You could test this by turning "shading" and "grid-lines" off and leaved "edges" on. If I am correct I would expect to see edge lines demarcating the edge of each 5kb segment. If you want to have a visual cue that the alignment has been sliced into segments, one thing to try is to modify the perl script to create small overlaps between slices (for example, 1..5010, 4991..10010, etc). What I predict would happen here is that the adjacent blocks would be vertically offset from one another, unless you have the "chain alignments" option turned on. I am curious how this turns out, please do follow up once you have tried the above. Sheldon 2009/5/19 Nikhat Zafar <nzafar@...>: > Hi , > > I read the thread where you helped Ankita split the big alignmnet in smaller > chunks. I tried that with my alignment . I have a question as you can see in > the screenshot attched I see just one continous block, instead of smaller > chunks based on the region of similarity as can be seen on worm base > example. Â Is that is how it is supposed to look. > > Nikhat > > > mysql> select * from alignments; > +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ > | hit_id | hit_name | src1 | ref1 | start1 | end1 Â | strand1 | seq1 | bin > Â Â Â Â Â | src2 | ref2 | start2 | end2 Â | strand2 | seq2 | > +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ > | Â Â Â 1 | H000001 Â | boa1 | 85 Â | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 2 | H000001r | bra1 | 1368 | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 3 | H000002 Â | boa1 | 85 Â | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000003 | bra1 | 1368 | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 4 | H000002r | bra1 | 1368 | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000003 | boa1 | 85 Â | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 5 | H000003 Â | boa1 | 85 Â | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 6 | H000003r | bra1 | 1368 | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 7 | H000004 Â | boa1 | 85 Â | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000004 | bra1 | 1368 | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 8 | H000004r | bra1 | 1368 | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000004 | boa1 | 85 Â | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â Â 9 | H000005 Â | boa1 | 85 Â | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 10 | H000005r | bra1 | 1368 | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 11 | H000006 Â | boa1 | 85 Â | Â Â Â 1 | Â 5000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000000 | bra1 | 1368 | Â Â Â 1 | Â 5000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 12 | H000006r | bra1 | 1368 | Â Â Â 1 | Â 5000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000000 | boa1 | 85 Â | Â Â Â 1 | Â 5000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 13 | H000007 Â | boa1 | 85 Â | Â 50001 | Â 55000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000005 | bra1 | 1368 | Â 50001 | Â 55000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 14 | H000007r | bra1 | 1368 | Â 50001 | Â 55000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000005 | boa1 | 85 Â | Â 50001 | Â 55000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 15 | H000008 Â | boa1 | 85 Â | Â 55001 | Â 60000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 55001 | Â 60000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 16 | H000008r | bra1 | 1368 | Â 55001 | Â 60000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 55001 | Â 60000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 17 | H000009 Â | boa1 | 85 Â | Â 60001 | Â 65000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000006 | bra1 | 1368 | Â 60001 | Â 65000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 18 | H000009r | bra1 | 1368 | Â 60001 | Â 65000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000006 | boa1 | 85 Â | Â 60001 | Â 65000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 19 | H000010 Â | boa1 | 85 Â | Â 65001 | Â 70000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 65001 | Â 70000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 20 | H000010r | bra1 | 1368 | Â 65001 | Â 70000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 65001 | Â 70000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 21 | H000011 Â | boa1 | 85 Â | Â 70001 | Â 75000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000007 | bra1 | 1368 | Â 70001 | Â 75000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 22 | H000011r | bra1 | 1368 | Â 70001 | Â 75000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000007 | boa1 | 85 Â | Â 70001 | Â 75000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 23 | H000012 Â | boa1 | 85 Â | Â 75001 | Â 80000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 75001 | Â 80000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 24 | H000012r | bra1 | 1368 | Â 75001 | Â 80000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 75001 | Â 80000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 25 | H000013 Â | boa1 | 85 Â | Â 80001 | Â 85000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000008 | bra1 | 1368 | Â 80001 | Â 85000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 26 | H000013r | bra1 | 1368 | Â 80001 | Â 85000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000008 | boa1 | 85 Â | Â 80001 | Â 85000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 27 | H000014 Â | boa1 | 85 Â | Â 85001 | Â 90000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 85001 | Â 90000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 28 | H000014r | bra1 | 1368 | Â 85001 | Â 90000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 85001 | Â 90000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 29 | H000015 Â | boa1 | 85 Â | Â 90001 | Â 95000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000009 | bra1 | 1368 | Â 90001 | Â 95000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 30 | H000015r | bra1 | 1368 | Â 90001 | Â 95000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000009 | boa1 | 85 Â | Â 90001 | Â 95000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 31 | H000016 Â | boa1 | 85 Â | Â 95001 | 100000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 1000000.000000 | bra1 | 1368 | Â 95001 | 100000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 32 | H000016r | bra1 | 1368 | Â 95001 | 100000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 1000000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 95001 | 100000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 33 | H000017 Â | boa1 | 85 Â | Â 5001 | Â 10000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 5001 | Â 10000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 34 | H000017r | bra1 | 1368 | Â 5001 | Â 10000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 5001 | Â 10000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 35 | H000018 Â | boa1 | 85 Â | 100001 | 105000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000010 | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 36 | H000018r | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000010 | boa1 | 85 Â | 100001 | 105000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 37 | H000019 Â | boa1 | 85 Â | 105001 | 107914 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000010 | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 38 | H000019r | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000001 | boa1 | 85 Â | 105001 | 107914 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 39 | H000020 Â | boa1 | 85 Â | Â 10001 | Â 15000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000001 | bra1 | 1368 | Â 10001 | Â 15000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 40 | H000020r | bra1 | 1368 | Â 10001 | Â 15000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000001 | boa1 | 85 Â | Â 10001 | Â 15000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 41 | H000021 Â | boa1 | 85 Â | Â 15001 | Â 20000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 15001 | Â 20000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 42 | H000021r | bra1 | 1368 | Â 15001 | Â 20000 | + Â Â Â | Â Â Â | > Â 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 15001 | Â 20000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 43 | H000022 Â | boa1 | 85 Â | Â 20001 | Â 25000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000002 | bra1 | 1368 | Â 20001 | Â 25000 | + Â Â Â | Â Â Â | > | Â Â 44 | H000022r | bra1 | 1368 | Â 20001 | Â 25000 | + Â Â Â | Â Â Â | > 10000.000002 | boa1 | 85 Â | Â 20001 | Â 25000 | + Â Â Â | Â Â Â | > +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ > > ;; This buffer is for notes you don't want to save, and for Lisp evaluation. > ;; If you want to create a file, visit that file with C-x C-f, > ;; then enter the text in that file's own buffer. > > | Â 2044 | H000022 Â | boa1 | Â 20600 | Â 20600 | > | Â 2045 | H000022 Â | boa1 | Â 20700 | Â 20700 | > | Â 2046 | H000022 Â | boa1 | Â 20800 | Â 20800 | > | Â 2047 | H000022 Â | boa1 | Â 20900 | Â 20900 | > | Â 2048 | H000022 Â | boa1 | Â 21000 | Â 21000 | > | Â 2049 | H000022 Â | boa1 | Â 21100 | Â 21100 | > | Â 2050 | H000022 Â | boa1 | Â 21200 | Â 21200 | > | Â 2051 | H000022 Â | boa1 | Â 21300 | Â 21300 | > | Â 2052 | H000022 Â | boa1 | Â 21400 | Â 21400 | > | Â 2053 | H000022 Â | boa1 | Â 21500 | Â 21500 | > | Â 2054 | H000022 Â | boa1 | Â 21600 | Â 21600 | > | Â 2055 | H000022 Â | boa1 | Â 21700 | Â 21700 | > | Â 2056 | H000022 Â | boa1 | Â 21800 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Â Â Â bra1 Â Â 1368 Â Â 25001 > 30000 Â + Â Â Â . 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Â Â Â bra1 Â Â 1368 Â Â 30001 > 35000 Â + Â Â Â . 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Re: gbrowse_syn display questionHi Sheldon,
Does gbrowse_syn takes into account the percent similarity to call a section of sequence as block. Thanks Nikhat Sheldon McKay wrote: >Hi Nikhat, > >Thank you for your timely and effective demonstration of why it is >helpful to Cc: the Gbrowse mailing list. > >I have never actually tried this before but, from your screen-shot, I >think that what appears to be one block may in fact be a bunch of 5kb >blocks that are immediately adjacent to each other. You could test >this by turning "shading" and "grid-lines" off and leaved "edges" on. >If I am correct I would expect to see edge lines demarcating the edge >of each 5kb segment. >If you want to have a visual cue that the alignment has been sliced >into segments, one thing to try is to modify the perl script to create >small overlaps between slices (for example, 1..5010, 4991..10010, >etc). What I predict would happen here is that the adjacent blocks >would be vertically offset from one another, unless you have the >"chain alignments" option turned on. > >I am curious how this turns out, please do follow up once you have >tried the above. > >Sheldon > >2009/5/19 Nikhat Zafar <nzafar@...>: > > >>Hi , >> >>I read the thread where you helped Ankita split the big alignmnet in smaller >>chunks. I tried that with my alignment . I have a question as you can see in >>the screenshot attched I see just one continous block, instead of smaller >>chunks based on the region of similarity as can be seen on worm base >>example. Is that is how it is supposed to look. >> >>Nikhat >> >> >>mysql> select * from alignments; >>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>| hit_id | hit_name | src1 | ref1 | start1 | end1 | strand1 | seq1 | bin >> | src2 | ref2 | start2 | end2 | strand2 | seq2 | >>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>| 1 | H000001 | boa1 | 85 | 25001 | 30000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 25001 | 30000 | + | | >>| 2 | H000001r | bra1 | 1368 | 25001 | 30000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 25001 | 30000 | + | | >>| 3 | H000002 | boa1 | 85 | 30001 | 35000 | + | | >>10000.000003 | bra1 | 1368 | 30001 | 35000 | + | | >>| 4 | H000002r | bra1 | 1368 | 30001 | 35000 | + | | >>10000.000003 | boa1 | 85 | 30001 | 35000 | + | | >>| 5 | H000003 | boa1 | 85 | 35001 | 40000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 35001 | 40000 | + | | >>| 6 | H000003r | bra1 | 1368 | 35001 | 40000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 35001 | 40000 | + | | >>| 7 | H000004 | boa1 | 85 | 40001 | 45000 | + | | >>10000.000004 | bra1 | 1368 | 40001 | 45000 | + | | >>| 8 | H000004r | bra1 | 1368 | 40001 | 45000 | + | | >>10000.000004 | boa1 | 85 | 40001 | 45000 | + | | >>| 9 | H000005 | boa1 | 85 | 45001 | 50000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 45001 | 50000 | + | | >>| 10 | H000005r | bra1 | 1368 | 45001 | 50000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 45001 | 50000 | + | | >>| 11 | H000006 | boa1 | 85 | 1 | 5000 | + | | >>10000.000000 | bra1 | 1368 | 1 | 5000 | + | | >>| 12 | H000006r | bra1 | 1368 | 1 | 5000 | + | | >>10000.000000 | boa1 | 85 | 1 | 5000 | + | | >>| 13 | H000007 | boa1 | 85 | 50001 | 55000 | + | | >>10000.000005 | bra1 | 1368 | 50001 | 55000 | + | | >>| 14 | H000007r | bra1 | 1368 | 50001 | 55000 | + | | >>10000.000005 | boa1 | 85 | 50001 | 55000 | + | | >>| 15 | H000008 | boa1 | 85 | 55001 | 60000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 55001 | 60000 | + | | >>| 16 | H000008r | bra1 | 1368 | 55001 | 60000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 55001 | 60000 | + | | >>| 17 | H000009 | boa1 | 85 | 60001 | 65000 | + | | >>10000.000006 | bra1 | 1368 | 60001 | 65000 | + | | >>| 18 | H000009r | bra1 | 1368 | 60001 | 65000 | + | | >>10000.000006 | boa1 | 85 | 60001 | 65000 | + | | >>| 19 | H000010 | boa1 | 85 | 65001 | 70000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 65001 | 70000 | + | | >>| 20 | H000010r | bra1 | 1368 | 65001 | 70000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 65001 | 70000 | + | | >>| 21 | H000011 | boa1 | 85 | 70001 | 75000 | + | | >>10000.000007 | bra1 | 1368 | 70001 | 75000 | + | | >>| 22 | H000011r | bra1 | 1368 | 70001 | 75000 | + | | >>10000.000007 | boa1 | 85 | 70001 | 75000 | + | | >>| 23 | H000012 | boa1 | 85 | 75001 | 80000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 75001 | 80000 | + | | >>| 24 | H000012r | bra1 | 1368 | 75001 | 80000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 75001 | 80000 | + | | >>| 25 | H000013 | boa1 | 85 | 80001 | 85000 | + | | >>10000.000008 | bra1 | 1368 | 80001 | 85000 | + | | >>| 26 | H000013r | bra1 | 1368 | 80001 | 85000 | + | | >>10000.000008 | boa1 | 85 | 80001 | 85000 | + | | >>| 27 | H000014 | boa1 | 85 | 85001 | 90000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 85001 | 90000 | + | | >>| 28 | H000014r | bra1 | 1368 | 85001 | 90000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 85001 | 90000 | + | | >>| 29 | H000015 | boa1 | 85 | 90001 | 95000 | + | | >>10000.000009 | bra1 | 1368 | 90001 | 95000 | + | | >>| 30 | H000015r | bra1 | 1368 | 90001 | 95000 | + | | >>10000.000009 | boa1 | 85 | 90001 | 95000 | + | | >>| 31 | H000016 | boa1 | 85 | 95001 | 100000 | + | | >>1000000.000000 | bra1 | 1368 | 95001 | 100000 | + | | >>| 32 | H000016r | bra1 | 1368 | 95001 | 100000 | + | | >>1000000.000000 | boa1 | 85 | 95001 | 100000 | + | | >>| 33 | H000017 | boa1 | 85 | 5001 | 10000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 5001 | 10000 | + | | >>| 34 | H000017r | bra1 | 1368 | 5001 | 10000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 5001 | 10000 | + | | >>| 35 | H000018 | boa1 | 85 | 100001 | 105000 | + | | >>10000.000010 | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + | | >>| 36 | H000018r | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + | | >>10000.000010 | boa1 | 85 | 100001 | 105000 | + | | >>| 37 | H000019 | boa1 | 85 | 105001 | 107914 | + | | >>10000.000010 | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + | | >>| 38 | H000019r | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + | | >> 100000.000001 | boa1 | 85 | 105001 | 107914 | + | | >>| 39 | H000020 | boa1 | 85 | 10001 | 15000 | + | | >>10000.000001 | bra1 | 1368 | 10001 | 15000 | + | | >>| 40 | H000020r | bra1 | 1368 | 10001 | 15000 | + | | >>10000.000001 | boa1 | 85 | 10001 | 15000 | + | | >>| 41 | H000021 | boa1 | 85 | 15001 | 20000 | + | | >> 100000.000000 | bra1 | 1368 | 15001 | 20000 | + | | >>| 42 | H000021r | bra1 | 1368 | 15001 | 20000 | + | | >> 100000.000000 | boa1 | 85 | 15001 | 20000 | + | | >>| 43 | H000022 | boa1 | 85 | 20001 | 25000 | + | | >>10000.000002 | bra1 | 1368 | 20001 | 25000 | + | | >>| 44 | H000022r | bra1 | 1368 | 20001 | 25000 | + | | >>10000.000002 | boa1 | 85 | 20001 | 25000 | + | | >>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >> >>;; This buffer is for notes you don't want to save, and for Lisp evaluation. >>;; If you want to create a file, visit that file with C-x C-f, >>;; then enter the text in that file's own buffer. >> >>| 2044 | H000022 | boa1 | 20600 | 20600 | >>| 2045 | H000022 | boa1 | 20700 | 20700 | >>| 2046 | H000022 | boa1 | 20800 | 20800 | >>| 2047 | H000022 | boa1 | 20900 | 20900 | >>| 2048 | H000022 | boa1 | 21000 | 21000 | >>| 2049 | H000022 | boa1 | 21100 | 21100 | >>| 2050 | H000022 | boa1 | 21200 | 21200 | >>| 2051 | H000022 | boa1 | 21300 | 21300 | >>| 2052 | H000022 | boa1 | 21400 | 21400 | >>| 2053 | H000022 | boa1 | 21500 | 21500 | >>| 2054 | H000022 | boa1 | 21600 | 21600 | >>| 2055 | H000022 | boa1 | 21700 | 21700 | >>| 2056 | H000022 | boa1 | 21800 | 21800 | >>| 2057 | H000022 | boa1 | 21900 | 21900 | >>| 2058 | H000022 | boa1 | 22000 | 22000 | >>| 2059 | H000022 | boa1 | 22100 | 22100 | >>| 2060 | H000022 | boa1 | 22200 | 22200 | >>| 2061 | H000022 | boa1 | 22300 | 22300 | >>| 2062 | H000022 | boa1 | 22400 | 22400 | >>| 2063 | H000022 | boa1 | 22500 | 22500 | >>| 2064 | H000022 | boa1 | 22600 | 22600 | >>| 2065 | H000022 | boa1 | 22700 | 22700 | >>| 2066 | H000022 | boa1 | 22800 | 22800 | >>| 2067 | H000022 | boa1 | 22900 | 22900 | >>| 2068 | H000022 | boa1 | 23000 | 23000 | >>| 2069 | H000022 | boa1 | 23100 | 23100 | >>| 2070 | H000022 | boa1 | 23200 | 23200 | >>| 2071 | H000022 | boa1 | 23300 | 23300 | >>| 2072 | H000022 | boa1 | 23400 | 23400 | >>| 2073 | H000022 | boa1 | 23500 | 23500 | >>| 2074 | H000022 | boa1 | 23600 | 23600 | >>| 2075 | H000022 | boa1 | 23700 | 23700 | >>| 2076 | H000022 | boa1 | 23800 | 23800 | >>| 2077 | H000022 | boa1 | 23900 | 23900 | >>| 2078 | H000022 | boa1 | 24000 | 24000 | >>| 2079 | H000022 | boa1 | 24100 | 24100 | >>| 2080 | H000022 | boa1 | 24200 | 24200 | >>| 2081 | H000022 | boa1 | 24300 | 24300 | >>| 2082 | H000022 | boa1 | 24400 | 24400 | >>| 2083 | H000022 | boa1 | 24500 | 24500 | >>| 2084 | H000022 | boa1 | 24600 | 24600 | >>| 2085 | H000022 | boa1 | 24700 | 24700 | >>| 2086 | H000022 | boa1 | 24800 | 24800 | >>| 2087 | H000022 | boa1 | 24900 | 24900 | >>| 2088 | H000022 | bra1 | 20100 | 20100 | >>| 2089 | H000022 | bra1 | 20200 | 20200 | >>| 2090 | H000022 | bra1 | 20300 | 20300 | >>| 2091 | H000022 | bra1 | 20400 | 20400 | >>| 2092 | H000022 | bra1 | 20500 | 20500 | >>| 2093 | H000022 | bra1 | 20600 | 20600 | >>| 2094 | H000022 | bra1 | 20700 | 20700 | >>| 2095 | H000022 | bra1 | 20800 | 20800 | >>| 2096 | H000022 | bra1 | 20900 | 20900 | >>| 2097 | H000022 | bra1 | 21000 | 21000 | >>| 2098 | H000022 | bra1 | 21100 | 21100 | >>| 2099 | H000022 | 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26800 26900 26900 27000 27000 27100 27100 >>27200 27200 27300 27300 27400 27400 27500 27500 27600 >>27600 27700 27700 27800 27800 27900 27900 28000 28000 >>28100 28100 28200 28200 28300 28300 28400 28400 28500 >>28500 28600 28600 28700 28700 28800 28800 28900 28900 >>29000 29000 29100 29100 29200 29200 29300 29300 29400 >>29400 29500 29500 29600 29600 29700 29700 29800 29800 >>29900 29900 | 25100 25100 25200 25200 25300 25300 >>25400 25400 25500 25500 25600 25600 25700 25700 25800 >>25800 25900 25900 26000 26000 26100 26100 26200 26200 >>26300 26300 26400 26400 26500 26500 26600 26600 26700 >>26700 26800 26800 26900 26900 27000 27000 27100 27100 >>27200 27200 27300 27300 27400 27400 27500 27500 27600 >>27600 27700 27700 27800 27800 27900 27900 28000 28000 >>28100 28100 28200 28200 28300 28300 28400 28400 28500 >>28500 28600 28600 28700 28700 28800 28800 28900 28900 >>29000 29000 29100 29100 29200 29200 29300 29300 29400 >>29400 29500 29500 29600 29600 29700 29700 29800 29800 >>29900 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Re: gbrowse_syn display questionHi Nikhat,
I think there are two possible answers to that question depending on what you mean. The first is that, as for input data, gbrowse_syn is agnostic about the nature of the synteny blocks or aligned regions and accepts them as provided. If you refer to the built-in chaining algorithm in gbrowse_syn, then the answer is no, it just aggregates alignments or blocks that are have the same strand, reference and target sequence, and have monotonically increasing or decreasing coordinates on both of the aligned sequences. However, that gives me an idea. If percentage identity or some other score were provided with the alignment data, it would be possible to change the intensity of the shaded polygons that link the aligned segments and give a visual representation of the score. Would anyone on the list like to see such a feature? Sheldon On Wed, May 20, 2009 at 9:56 AM, Nikhat Zafar <nzafar@...> wrote: > Hi Sheldon, > > Does gbrowse_syn takes into account the percent similarity to call a > Â section of sequence as block. > > Thanks > Nikhat > > > Sheldon McKay wrote: > >> Hi Nikhat, >> >> Thank you for your timely and effective demonstration of why it is >> helpful to Cc: the Gbrowse mailing list. >> >> I have never actually tried this before but, from your screen-shot, I >> think that what appears to be one block may in fact be a bunch of 5kb >> blocks that are immediately adjacent to each other. Â You could test >> this by turning "shading" and "grid-lines" off and leaved "edges" on. >> If I am correct I would expect to see edge lines demarcating the edge >> of each 5kb segment. >> If you want to have a visual cue that the alignment has been sliced >> into segments, one thing to try is to modify the perl script to create >> small overlaps between slices (for example, 1..5010, 4991..10010, >> etc). Â What I predict would happen here is that the adjacent blocks >> would be vertically offset from one another, unless you have the >> "chain alignments" option turned on. >> >> I am curious how this turns out, please do follow up once you have >> tried the above. >> >> Sheldon >> >> 2009/5/19 Nikhat Zafar <nzafar@...>: >> >>> >>> Hi , >>> >>> I read the thread where you helped Ankita split the big alignmnet in >>> smaller >>> chunks. I tried that with my alignment . I have a question as you can see >>> in >>> the screenshot attched I see just one continous block, instead of smaller >>> chunks based on the region of similarity as can be seen on worm base >>> example. Â Is that is how it is supposed to look. >>> >>> Nikhat >>> >>> >>> mysql> select * from alignments; >>> >>> +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>> | hit_id | hit_name | src1 | ref1 | start1 | end1 Â | strand1 | seq1 | >>> bin >>> Â Â Â Â | src2 | ref2 | start2 | end2 Â | strand2 | seq2 | >>> >>> +--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>> | Â Â Â 1 | H000001 Â | boa1 | 85 Â | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 2 | H000001r | bra1 | 1368 | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 25001 | Â 30000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 3 | H000002 Â | boa1 | 85 Â | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 10000.000003 | bra1 | 1368 | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 4 | H000002r | bra1 | 1368 | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 10000.000003 | boa1 | 85 Â | Â 30001 | Â 35000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 5 | H000003 Â | boa1 | 85 Â | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 6 | H000003r | bra1 | 1368 | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 100000.000000 | boa1 | 85 Â | Â 35001 | Â 40000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 7 | H000004 Â | boa1 | 85 Â | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 10000.000004 | bra1 | 1368 | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 8 | H000004r | bra1 | 1368 | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 10000.000004 | boa1 | 85 Â | Â 40001 | Â 45000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â Â 9 | H000005 Â | boa1 | 85 Â | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 100000.000000 | bra1 | 1368 | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> | Â Â 10 | H000005r | bra1 | 1368 | Â 45001 | Â 50000 | + Â Â Â | Â Â Â | >>> 100000.000000 | boa1 | 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Â Â Â bra1 Â Â 1368 Â Â 25001 >>> 30000 Â + Â Â Â . 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Â Â Â 20100 Â 20100 Â 20200 Â 20200 Â 20300 Â 20300 >>> 20400 Â 20400 Â 20500 Â 20500 Â 20600 Â 20600 Â 20700 Â 20700 Â 20800 >>> 20800 Â 20900 Â 20900 Â 21000 Â 21000 Â 21100 Â 21100 Â 21200 Â 21200 >>> 21300 Â 21300 Â 21400 Â 21400 Â 21500 Â 21500 Â 21600 Â 21600 Â 21700 >>> 21700 Â 21800 Â 21800 Â 21900 Â 21900 Â 22000 Â 22000 Â 22100 Â 22100 >>> 22200 Â 22200 Â 22300 Â 22300 Â 22400 Â 22400 Â 22500 Â 22500 Â 22600 >>> 22600 Â 22700 Â 22700 Â 22800 Â 22800 Â 22900 Â 22900 Â 23000 Â 23000 >>> 23100 Â 23100 Â 23200 Â 23200 Â 23300 Â 23300 Â 23400 Â 23400 Â 23500 >>> 23500 Â 23600 Â 23600 Â 23700 Â 23700 Â 23800 Â 23800 Â 23900 Â 23900 >>> 24000 Â 24000 Â 24100 Â 24100 Â 24200 Â 24200 Â 24300 Â 24300 Â 24400 >>> 24400 Â 24500 Â 24500 Â 24600 Â 24600 Â 24700 Â 24700 Â 24800 Â 24800 >>> 24900 Â 24900 Â | Â Â Â 20100 Â 20100 Â 20200 Â 20200 Â 20300 Â 20300 >>> 20400 Â 20400 Â 20500 Â 20500 Â 20600 Â 20600 Â 20700 Â 20700 Â 20800 >>> 20800 Â 20900 Â 20900 Â 21000 Â 21000 Â 21100 Â 21100 Â 21200 Â 21200 >>> 21300 Â 21300 Â 21400 Â 21400 Â 21500 Â 21500 Â 21600 Â 21600 Â 21700 >>> 21700 Â 21800 Â 21800 Â 21900 Â 21900 Â 22000 Â 22000 Â 22100 Â 22100 >>> 22200 Â 22200 Â 22300 Â 22300 Â 22400 Â 22400 Â 22500 Â 22500 Â 22600 >>> 22600 Â 22700 Â 22700 Â 22800 Â 22800 Â 22900 Â 22900 Â 23000 Â 23000 >>> 23100 Â 23100 Â 23200 Â 23200 Â 23300 Â 23300 Â 23400 Â 23400 Â 23500 >>> 23500 Â 23600 Â 23600 Â 23700 Â 23700 Â 23800 Â 23800 Â 23900 Â 23900 >>> 24000 Â 24000 Â 24100 Â 24100 Â 24200 Â 24200 Â 24300 Â 24300 Â 24400 >>> 24400 Â 24500 Â 24500 Â 24600 Â 24600 Â 24700 Â 24700 Â 24800 Â 24800 >>> 24900 Â 24900 >>> >>> >>> ------------------------------------------------------------------------------ >>> Crystal Reports - New Free Runtime and 30 Day Trial >>> Check out the new simplified licensing option that enables >>> unlimited royalty-free distribution of the report engine >>> for externally facing server and web deployment. >>> http://p.sf.net/sfu/businessobjects >>> _______________________________________________ >>> Gmod-gbrowse mailing list >>> Gmod-gbrowse@... >>> https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gmod-gbrowse >>> >>> >>> >> >> >> >> > > -- Sheldon McKay, PhD Cold Spring Harbor Laboratory Office/Mobile: 516-367-6998 / 631-651-9728 Sent from Cold Spring Harbor, New York, United States ------------------------------------------------------------------------------ Crystal Reports - New Free Runtime and 30 Day Trial Check out the new simplified licensing option that enables unlimited royalty-free distribution of the report engine for externally facing server and web deployment. http://p.sf.net/sfu/businessobjects _______________________________________________ Gmod-gbrowse mailing list Gmod-gbrowse@... https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gmod-gbrowse |
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Re: gbrowse_syn display questionHi Sheldon,
I tried to run clustal2hit on the alignment attched. I did not get any hits. Do you know why I'm having this problem. Thanks Nikhat Sheldon McKay wrote: >Hi Nikhat, > >I think there are two possible answers to that question depending on >what you mean. The first is that, as for input data, gbrowse_syn is >agnostic about the nature of the synteny blocks or aligned regions and >accepts them as provided. If you refer to the built-in chaining >algorithm in gbrowse_syn, then the answer is no, it just aggregates >alignments or blocks that are have the same strand, reference and >target sequence, and have monotonically increasing or decreasing >coordinates on both of the aligned sequences. > >However, that gives me an idea. If percentage identity or some other >score were provided with the alignment data, it would be possible to >change the intensity of the shaded polygons that link the aligned >segments and give a visual representation of the score. Would anyone >on the list like to see such a feature? > >Sheldon > > > >On Wed, May 20, 2009 at 9:56 AM, Nikhat Zafar <nzafar@...> wrote: > > >>Hi Sheldon, >> >>Does gbrowse_syn takes into account the percent similarity to call a >> section of sequence as block. >> >>Thanks >>Nikhat >> >> >>Sheldon McKay wrote: >> >> >> >>>Hi Nikhat, >>> >>>Thank you for your timely and effective demonstration of why it is >>>helpful to Cc: the Gbrowse mailing list. >>> >>>I have never actually tried this before but, from your screen-shot, I >>>think that what appears to be one block may in fact be a bunch of 5kb >>>blocks that are immediately adjacent to each other. You could test >>>this by turning "shading" and "grid-lines" off and leaved "edges" on. >>>If I am correct I would expect to see edge lines demarcating the edge >>>of each 5kb segment. >>>If you want to have a visual cue that the alignment has been sliced >>>into segments, one thing to try is to modify the perl script to create >>>small overlaps between slices (for example, 1..5010, 4991..10010, >>>etc). What I predict would happen here is that the adjacent blocks >>>would be vertically offset from one another, unless you have the >>>"chain alignments" option turned on. >>> >>>I am curious how this turns out, please do follow up once you have >>>tried the above. >>> >>>Sheldon >>> >>>2009/5/19 Nikhat Zafar <nzafar@...>: >>> >>> >>> >>>>Hi , >>>> >>>>I read the thread where you helped Ankita split the big alignmnet in >>>>smaller >>>>chunks. I tried that with my alignment . I have a question as you can see >>>>in >>>>the screenshot attched I see just one continous block, instead of smaller >>>>chunks based on the region of similarity as can be seen on worm base >>>>example. Is that is how it is supposed to look. >>>> >>>>Nikhat >>>> >>>> >>>>mysql> select * from alignments; >>>> >>>>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>>>| hit_id | hit_name | src1 | ref1 | start1 | end1 | strand1 | seq1 | >>>>bin >>>> | src2 | ref2 | start2 | end2 | strand2 | seq2 | >>>> >>>>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>>>| 1 | H000001 | boa1 | 85 | 25001 | 30000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 25001 | 30000 | + | | >>>>| 2 | H000001r | bra1 | 1368 | 25001 | 30000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 25001 | 30000 | + | | >>>>| 3 | H000002 | boa1 | 85 | 30001 | 35000 | + | | >>>>10000.000003 | bra1 | 1368 | 30001 | 35000 | + | | >>>>| 4 | H000002r | bra1 | 1368 | 30001 | 35000 | + | | >>>>10000.000003 | boa1 | 85 | 30001 | 35000 | + | | >>>>| 5 | H000003 | boa1 | 85 | 35001 | 40000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 35001 | 40000 | + | | >>>>| 6 | H000003r | bra1 | 1368 | 35001 | 40000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 35001 | 40000 | + | | >>>>| 7 | H000004 | boa1 | 85 | 40001 | 45000 | + | | >>>>10000.000004 | bra1 | 1368 | 40001 | 45000 | + | | >>>>| 8 | H000004r | bra1 | 1368 | 40001 | 45000 | + | | >>>>10000.000004 | boa1 | 85 | 40001 | 45000 | + | | >>>>| 9 | H000005 | boa1 | 85 | 45001 | 50000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 45001 | 50000 | + | | >>>>| 10 | H000005r | bra1 | 1368 | 45001 | 50000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 45001 | 50000 | + | | >>>>| 11 | H000006 | boa1 | 85 | 1 | 5000 | + | | >>>>10000.000000 | bra1 | 1368 | 1 | 5000 | + | | >>>>| 12 | H000006r | bra1 | 1368 | 1 | 5000 | + | | >>>>10000.000000 | boa1 | 85 | 1 | 5000 | + | | >>>>| 13 | H000007 | boa1 | 85 | 50001 | 55000 | + | | >>>>10000.000005 | bra1 | 1368 | 50001 | 55000 | + | | >>>>| 14 | H000007r | bra1 | 1368 | 50001 | 55000 | + | | >>>>10000.000005 | boa1 | 85 | 50001 | 55000 | + | | >>>>| 15 | H000008 | boa1 | 85 | 55001 | 60000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 55001 | 60000 | + | | >>>>| 16 | H000008r | bra1 | 1368 | 55001 | 60000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 55001 | 60000 | + | | >>>>| 17 | H000009 | boa1 | 85 | 60001 | 65000 | + | | >>>>10000.000006 | bra1 | 1368 | 60001 | 65000 | + | | >>>>| 18 | H000009r | bra1 | 1368 | 60001 | 65000 | + | | >>>>10000.000006 | boa1 | 85 | 60001 | 65000 | + | | >>>>| 19 | H000010 | boa1 | 85 | 65001 | 70000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 65001 | 70000 | + | | >>>>| 20 | H000010r | bra1 | 1368 | 65001 | 70000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 65001 | 70000 | + | | >>>>| 21 | H000011 | boa1 | 85 | 70001 | 75000 | + | | >>>>10000.000007 | bra1 | 1368 | 70001 | 75000 | + | | >>>>| 22 | H000011r | bra1 | 1368 | 70001 | 75000 | + | | >>>>10000.000007 | boa1 | 85 | 70001 | 75000 | + | | >>>>| 23 | H000012 | boa1 | 85 | 75001 | 80000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 75001 | 80000 | + | | >>>>| 24 | H000012r | bra1 | 1368 | 75001 | 80000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 75001 | 80000 | + | | >>>>| 25 | H000013 | boa1 | 85 | 80001 | 85000 | + | | >>>>10000.000008 | bra1 | 1368 | 80001 | 85000 | + | | >>>>| 26 | H000013r | bra1 | 1368 | 80001 | 85000 | + | | >>>>10000.000008 | boa1 | 85 | 80001 | 85000 | + | | >>>>| 27 | H000014 | boa1 | 85 | 85001 | 90000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 85001 | 90000 | + | | >>>>| 28 | H000014r | bra1 | 1368 | 85001 | 90000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 85001 | 90000 | + | | >>>>| 29 | H000015 | boa1 | 85 | 90001 | 95000 | + | | >>>>10000.000009 | bra1 | 1368 | 90001 | 95000 | + | | >>>>| 30 | H000015r | bra1 | 1368 | 90001 | 95000 | + | | >>>>10000.000009 | boa1 | 85 | 90001 | 95000 | + | | >>>>| 31 | H000016 | boa1 | 85 | 95001 | 100000 | + | | >>>>1000000.000000 | bra1 | 1368 | 95001 | 100000 | + | | >>>>| 32 | H000016r | bra1 | 1368 | 95001 | 100000 | + | | >>>>1000000.000000 | boa1 | 85 | 95001 | 100000 | + | | >>>>| 33 | H000017 | boa1 | 85 | 5001 | 10000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 5001 | 10000 | + | | >>>>| 34 | H000017r | bra1 | 1368 | 5001 | 10000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 5001 | 10000 | + | | >>>>| 35 | H000018 | boa1 | 85 | 100001 | 105000 | + | | >>>>10000.000010 | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + | | >>>>| 36 | H000018r | bra1 | 1368 | 100001 | 105000 | + | | >>>>10000.000010 | boa1 | 85 | 100001 | 105000 | + | | >>>>| 37 | H000019 | boa1 | 85 | 105001 | 107914 | + | | >>>>10000.000010 | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + | | >>>>| 38 | H000019r | bra1 | 1368 | 105001 | 110000 | + | | >>>>100000.000001 | boa1 | 85 | 105001 | 107914 | + | | >>>>| 39 | H000020 | boa1 | 85 | 10001 | 15000 | + | | >>>>10000.000001 | bra1 | 1368 | 10001 | 15000 | + | | >>>>| 40 | H000020r | bra1 | 1368 | 10001 | 15000 | + | | >>>>10000.000001 | boa1 | 85 | 10001 | 15000 | + | | >>>>| 41 | H000021 | boa1 | 85 | 15001 | 20000 | + | | >>>>100000.000000 | bra1 | 1368 | 15001 | 20000 | + | | >>>>| 42 | H000021r | bra1 | 1368 | 15001 | 20000 | + | | >>>>100000.000000 | boa1 | 85 | 15001 | 20000 | + | | >>>>| 43 | H000022 | boa1 | 85 | 20001 | 25000 | + | | >>>>10000.000002 | bra1 | 1368 | 20001 | 25000 | + | | >>>>| 44 | H000022r | bra1 | 1368 | 20001 | 25000 | + | | >>>>10000.000002 | boa1 | 85 | 20001 | 25000 | + | | >>>> >>>>+--------+----------+------+------+--------+--------+---------+------+----------------+------+------+--------+--------+---------+------+ >>>> >>>>;; This buffer is for notes you don't want to save, and for Lisp >>>>evaluation. >>>>;; If you want to create a file, visit that file with C-x C-f, >>>>;; then enter the text in that file's own buffer. >>>> >>>>| 2044 | H000022 | boa1 | 20600 | 20600 | >>>>| 2045 | H000022 | boa1 | 20700 | 20700 | >>>>| 2046 | H000022 | boa1 | 20800 | 20800 | >>>>| 2047 | H000022 | boa1 | 20900 | 20900 | >>>>| 2048 | H000022 | boa1 | 21000 | 21000 | 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GAAGATACACAATACAAACTTAATTAACACATAAAAATATACGAGGAAATAACACAAACG * ** * * * * * * * boa1-44(+)/30001-35000 ATTCTTCTTTATGAGATTACAGAGTTCTTTTATTAAAAAGAAAAGAGAAATAAATAAATC boa1-45(+)/30001-35000 TTCATAAACAATTAGAGTGCTTTATGTTTATGAAGTTCGAAGATTTTCTATTCATCTTTC boa1-53(+)/30001-35000 TATCAATATATGGCAGAACCACCATTGTCTGACTATATACCATGGATAGACATGCAACAA * * * * boa1-44(+)/30001-35000 AATAAATCGGCTACGTAGAAAAGTAAACAGAGATAAATAGTAAACAGAGAGGACCAGAAT boa1-45(+)/30001-35000 TTCTAGCTCATGATCTCTTAGTTCTTCGCCCTATATTCTTTCAAATATATATGATTTATT boa1-53(+)/30001-35000 ATCTTAGGCAAATCTTAAGCATCGAAGAAACACCAAATCATCTTGATTACAAATTCAATC * * * * boa1-44(+)/30001-35000 TATTTCATATTTGACTTAACCGAGACCAAACCAAATTATATATGGATATACACTGAGACA boa1-45(+)/30001-35000 ATATGTTATATATATACTATATAAAAGTTGAGACTATAAACTATTTATAACAAGATATGA boa1-53(+)/30001-35000 CAAAATATATCAAAGTATCTACATAGAAACTTAAAAAAATTAAGCTGACTATGAAAATGT * * * * * boa1-44(+)/30001-35000 GAGACCAAACCAAACTCTTACTTCTCTTCTTTGCCTATGTTTCTTCAATGTTTTACTAAA boa1-45(+)/30001-35000 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CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment boa1-44(+)/50001-55000 GGTTGGGCGACGGGGTTGACCGAACTGGAGGGGATCGCCGCTTCGCCGTTCGTTTTCACT boa1-45(+)/50001-55000 CATAACTGCATGGTACATCCGTACATAAAGGTAGATTTTTCCCAAACTTATAGTACTTCT boa1-53(+)/50001-55000 CGATTGAGATTCTTCCCGGATTCTAGGGCTCCGATTATGTTTTCTCAAAGTCTCTAGTTT * boa1-44(+)/50001-55000 GTGTCGGAAACACCGGATAACTTCATCGCAATGAGCGGTTGAAAGGCTAGAAATTTTTTT boa1-45(+)/50001-55000 TTCTTTCTTTGGAAAGAACACACCAGAGACGTTGGTTTAAAAAACCGAGTTTTATTTCGT boa1-53(+)/50001-55000 GAAAATTGACTTGGAGAAGTAAAGAATATCCTTGAACCGAATCAATATTGTACCAGGGCT ** * * * * boa1-44(+)/50001-55000 GATGCAAATAAAACATCGATTAAGAGATGTATATAGAATCTCAGAGGAAGAAAGCGATAA boa1-45(+)/50001-55000 TTTGTAGCAATTGCAATTATATGAATGTTATGTCTAGCTCTATAATATTTGAATTTCAGT boa1-53(+)/50001-55000 CCGAGTATTGGCAGCACCAATCAAATCTTTCATCTTCTCTTTTCTTTCTTCGTACGTATG * * * * boa1-44(+)/50001-55000 ATCATCCATTAATGAGATTAAAAGTCTAGAGGAGTGGGAAGAGAGTTGATTGTTTGCGAT boa1-45(+)/50001-55000 TGATAGTTGCTTCTCTGTCAATAAGATTATGATGAAGTTTCACCATCTTATAATTTTTCT 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ATTCAGACTTACATTTACCAAAAAATAACAATATGTGATACACACCGTACTAATCCAAAT * * * * * boa1-44(+)/55001-60000 AACACGATTTCAACACCGATACCAGCAATAATCCTGCGAATACGAATGGTAGTGTGGATG boa1-45(+)/55001-60000 AAAAGATCTTTGTGCTAAGCTGACAAGTGCAATGATTGAGTTCTGGTGGAGCAATGGTAC boa1-53(+)/55001-60000 GGTCAAAAATATAAGTTAAGCTTCAAAGCTTTCACACTTATCCAATTACAACTCTCTCTT * * * * * boa1-44(+)/55001-60000 CCAGCGTTTTGTCTAGACATGACTATGCCTTTGTAGATAGACAACCTACGTCTGTTCTCA boa1-45(+)/55001-60000 CAACAAGAAGAAGATATCATGGATTGCTTGGCAGAAGTTATGTAAAGACAAGGAGTTGGG boa1-53(+)/55001-60000 GTGGACAAATGGCAACGACATCAAAAGAAATGAAATATATGAAATGAAATTGTCAGATCA * * * * boa1-44(+)/55001-60000 GGAACTTCCTGCAAAGTGTAAACCCCCATATCATCACAAAGATCAAAACTTACATCCACG boa1-45(+)/55001-60000 AGGACTGGGATTTAAGGACATTGAGAAGTTCAATCAAGCGTTACTTGCGAAACAAGCTTG boa1-53(+)/55001-60000 TACATTCAAATGTTAATTGACAATAAAAATTGTGATCTTCTAACAAATATTAAACTTTGT * * * * * * * boa1-44(+)/55001-60000 CATCAATCAAGAACTTTACCAGTTTGATCTCAACGATATCTCCAGTCCTGATTTCAGGAA boa1-45(+)/55001-60000 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